①の社員の安否確認は、災害が発生したらすぐに行わなければなりません。東日本大震災のときにも経験した通り、特定の通信手段が普通になることが十分に考えられます。できれば、複数の手段で確認するようにするとよいです。
有料ではありますが、安否確認システムを提供している会社があります。そちらを利用するのも1つの方法です。なお、このようなシステムを導入した場合、避難訓練と同様に、1年に1回くらい利用訓練を行うとよいでしょう。
ＮＴＴコミニュケーションズの安否確認システム

②についていえば、大規模災害が起こったとき、周囲の安全が確認できるまでは社内待機、が事業継続計画（ＢＣＰ）の原則です。しかし、そのときの賃金はどうなるのかという問題があります。仕事をしていないのであれば、通常の賃金を支払う義務はありません。ただし、東日本大震災の時でも、事前に規則を作成していなかったため、通常の賃金を支払った企業がみうけられました。突然の事態でも対処できるよう、予め就業規則や賃金規程にルールを定めておく必要があります。

③の物資の社内備蓄ですが、東京都は、事業所に対して物資の社内備蓄を義務付ける（努力義務）帰宅困難者対策条例を３月に制定する方向です。水、食料、毛布などの物資を3日分備蓄することを求めています。水は一人１日3ℓ必要と言われています。社員全員分を備蓄するとなると、かなりの量になります。
ただ、この条例は事業所向けだけでなく、万が一の時に周囲の住民にも配るといった社会貢献の意味も含まれているようです。